Yakuza Princess, anne ya da babasını bilmeden çoğalan ve hayatını kılıç ustası olmaya adamış genç bir kadın olan Akemi’nin hayatını konu almaktadır. Akemi tam hayatı hakkındaki gerçekleri büyük babasından öğrenme zamanı geldiğinde, büyükbabasının ölmesi üzerine ailesi hakkındaki gerçekleri öğrenme gerçek dışı de değil olmuştur.
Akemi çok üzgündür ve ustasına sürekli olarak ailesi hakkında bilgi alabilmek için zorlama yapmaktadır. Ama ne ustası ne de çevresindekiler Akemi’nin ya da ailesinin kim olduğu hakkındaki gerçekleri ona söylemezler. Ama Akemi’nin hayatına hafızasını kaybetmiş olan genç bir adam girdiğinde, Akemi için gerçeklere açılan kanlı ve savaş doymuş bir kapı da gevşemiş olur.
Akemi’nin hayatına ansızın giren Shiro hiçbir şey hatırlamamaktadır ama kaderinin Akemi ile bir olduğunu söylemektedir. Akemi bu tanıdık olmayan ile birlikte ailesini bulgu cesaretini de kazanır. Ailesini araştırmaya başlayan Akemi tek tek tüm dostları gezer, büyükbabasının arkadaşlarına değin dışarı giden ve destek isteyen Akemi sonunda ona yanıt vermeye başlayan birilerini bulduğunda kendisi hakkındaki dehşet gerçeği de öğrenir.
Akemi bir Yakuza’dır ve sahiden Akemi son kalan Yakuza’dır. Babası bir Yakuza lideri olan ve bir doğum günü partisinde tüm ailesinin katledildiğini ve son lahza da kendisini birilerinin koruyup katliam alanından kaçırdığını öğrenen Akemi, o lahza da intikam ateşiyle dolar. Akemi bazı ipuçlarını takip edip tüm gerçekleri daha detaylıca öğrendiğinde onun için çeteler arası savaşta başlamış olur. Son kalan Yakuza olarak babasının onurunu kurtarması gereken Akemi’nin yanında yalnızca Shiro vardır. Bu sırada Akemi’nin kim olduğunu öğrenen rakip çeteler de harekete devretmek üzerelerdir. Şu belli başlı değin onun yaşadığını bile düşünmeyen rakip çeteler onun ölmesi ve Yakuza klanının değil olması için her şeyi göze almışlardır. Akemi böyle büyük bir savaşa girmek için yeterince büyük bir kılıç ustası olabilmiş midir? Akemi bir Yakuza olarak mı hayatına devam edecektir?