X Man serinin ikinci filmi olan X- Men 2 filminde; Magneto’yu (Ian McKellen) yenen X-Men grubu onu güçlerini kullanamaması için plastik bir odaya hapsetmiştir. Nightcrawler (Bölge Cumming) adlı bir mutantın Beyaz Saray’a hakim yapıp Başkan’a suikast düzenlemesi hükümetin mutant karşıt�� çalışmalarına her tarafta başlamasına niçin olur. Yönetmenliğini önceki film ile benzer yönetmen Bryan Singer’ ın yaptığı filmin senaryosunu Michael Dougherty, Dan Harris ve Zak Penn yazmıştır. Dougherty, “Trick ‘r Treat” ve “Yılbaşı Kabusu” adlı filmlerin yönetmenliği ile tanınacaktır.
Logan (Hugh Jackman) geçmişini neşelendirmek için gittiği sırada William Stryker (Brian Cox) adlı bilim insanı Profesör X’in (Patrick Stewart) dar okulu ve Cerebro’yu keşfetmiştir. Magneto’nun (Ian McKellen) sadık mutantı Mystique (Rebecca Romjin) ise liderini kurtarmak için planlar yapmaktadır. Ama Profesör X’in okulu Stryker’ın güçleri kadar saldırıya uğradığında Logan (Hugh Jackman), Rogue (Anna Paquin) ve Iceman (Shawn Ashmore) canlarını baskı kurtarırlar. Stryker’ı durdurmak ve Profesör X’i kurtarmak için Magneto ile birlik almak zorundadırlar.
Tüm mutantları öldürmek isteyen Stryker’ın oğlu da bir mutanttır. Oğlu insanların zihinlerini denetim edebilen çok güçlü bir mutanttır. Stryker okula saldırınca sağ kalan mutantlar Magneto’nun mutantları Storm ve Jean Grey ile buluşmak için Boston’a içten yola çıkar. Magneto’nun gardiyanı ile bir barda şekil değiştirip flört eden Mystique onun bedenine demir içeren bir değişken enjekte eder. Böylece Magneto sıvıyı kullanarak hapisten kaçabilecektir.
Xavier ise Stryker ve Deathstrike (Kelly Hu) tarafından sorguya çekilmektedir. Xavier’in kafasına geçirdikleri metal kask onu güçlerini kullanmaktan alı koymaktadır. Beyaz Saray’da, Başkan’a yapılan suikastın Stryker tarafından algı yaratmak için yapıldığını öğrenen Xavier’ın kafasında soru işaretleri oluşur. Kendi oğlu da bir mutant olan Stryker’ın niçin mutantlardan nefret ettiğini anlamamaktadır.
Bu sırada Magneto’nun gardiyanı Laurio ona kahvaltısını getirdiğinde Magneto onda öbür bir şey hisseder. Mystique’nin damarlarına enjekte ettiği demiri hisseden Magneto demir güçlerini kullanarak Laurio’nun içinden çıkartan Magneto, içinde bulunduğu plastik hücreyi yine bu demirler kırarak oradan kaçar. Stryker, Xavier’in okulundaki Cerebro bilgisayarını ele geçirip tüm mutantları öldürmenin yolunu bulmuştur lakin Magneto ve Xavier onu durdurmak için bu sefer birlikte saldıracaklardır.