Susumu için yaşam zaten fazla zordur çünkü Susumu evsiz bir insandır ve hiç parası da yoktur. Bunca tasa yetmezmiş gibi Susumu diğer taraftan us kaybından muzdariptir. Hiçbir şey hatırlayamayan Susumu bu sorununu bir şekilde çözmek istemektedir. Ancak Susumu hayattan ümidi kesmemiştir ve park alanında bulmuş olduğu anlamsız bir arabulucu kendisine konut edinmiştir ve burada yaşama tutunmaya çalışmaktadır.
Bütün bunlar olurken bir tarafta Manabu isminde genç bir tıp öğrencisi vardır. Manabu trepanasyon adı bahşedilen bir teknik üzerinde gelişebilmek için kendisine gönüllü denekler aramaktadır. Bu özel teknik kafatasında delik açıp kişinin beynini rahatlatmayı ve mümkün hasarların da bu şekilde tedavisini sağlamaya karşın bir tekniktir.
Manabu şans eseri Susumu’yu ayrım eder ve ona bu deneyden bahseder. Oysa Susumu bu deneyi tehlikeli bulur ve kabul etmez. Fakat bütün da o sırada evi olarak kullandığı külüstür araba devlet göre çekilince Susumu evsiz kalır. Manabu ise bu olayı fırsat bilir ve ona yedi yüz bin yen gibi büyük bir para önerge eder. Susumu için bu para fazla önemlidir ve bu yüzden de mecburen bu deneye katılmayı kabul eder.
Ameliyatı başarılı geçen Susumu kendini ilk etapta iyi hissetmeye başlamıştır. Ancak kısa bir süre daha sonra Susumu acayip hislere kapılmaya başlar. Ameliyat doğruca Susumu’nun altıncı hisleri harekete geçmiştir. Hatta beyni o denli gelişmiştir fakat Susumu herkesin geçmişini ve sırlarını görmeye başlamıştır. Susumu bu durumdan fazla korkmuştur çünkü gördüğü olaylar kolay olaylar değildir. Önceleri bu özelliğini kapatmaya çalışan Susumu sonunda bunu başaramayacağını anlar çünkü hisleri körelmek yerine artan bir şekilde daha da güçlenmektedir. Susumu bundan kaçışın olmadığını anladığında bu gücünü kullanmayı ve daha da geliştirmeyi seçer. Bundan Böyle Susumu baktığı herkesin iyi mi yoksa fena birisi mi olduğunu hemen anlamaktadır. Türkçe dublajı ve 4k özelliğindeki Homunculus filminde Susumu artık dönüşü olmayan bir yola girmiştir.